Une fois le tunnel et la boîte gare réalisés par le groupement Horizon, mené par Bouygues Travaux publics et en charge du lot Infrastructure, les équipes d'Eiffage Construction équipements ont dû faire d'autres travaux de génie civil complémentaires et propres au bâtiment voyageurs, avec ses fondations, les verticaux, ainsi que la couverture de la voûte et des locaux d'exploitation.
A l'intérieur du bâtiment, il y avait également "beaucoup de fourreaux posés au sol sur une dalle d'un mètre d'épaisseur, réalisée par le groupement Horizon. Nous avons dû les recouvrir par une recharge de 30 cm", se souvient Matthieu Viguier, directeur de travaux chez Eiffage Construction. Une précaution prise pour éviter de toucher à l'infrastructure durant la durée d'exploitation de la gare, prévue pour au moins cent ans ! En cas de modification des réseaux, ils sont ainsi plus facilement accessibles.