Pour préserver la tranquillité des cétacés (grand dauphin de l'Indo-Pacifique et baleine à bosse) qui fréquentent les eaux réunionnaises, le chantier est surveillé depuis les airs par des survols d'ULM avant et après les phases les plus bruyantes. En cas de présence à proximité de ces animaux, les travaux sont suspendus, le temps qu'ils s'éloignent. D'autre part, les entreprises sont astreintes à limiter leur niveau sonore, contrôlé par quatre hydrophones fixes, immergés à 20 mètres de profondeur, à quelques encablures du chantier. Un dispositif d'alerte a été mis en place, permettant au chef de chantier de stopper immédiatement l'activité en cas de dépassement des seuils (160 dB), un cas de figure qui n'est arrivé qu'une poignée de fois depuis le début des travaux. Du côté des dispositifs actifs, des rideaux de bulles ont même été déployés pour contenir les bruits de travaux sous-marins, tandis que des explosifs non détonants ont été utilisés pour la construction des digues et viaducs. Le gain acoustique, dans les gammes de fréquences dangereuses pour l'ouïe des cétacés, serait de l'ordre de -10 à -15 dB sur les niveaux de bruit en crête.

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