Le dispositif renforce ainsi les compétences des communes en matière d'assainissement non collectif (non raccordé aux égouts). Le propriétaire d'une fosse septique doit assurer son entretien régulier et en cas de non conformité à l'issue du contrôle il devra procéder aux travaux prescrits dans un délai de quatre ans.

Par ailleurs, à compter du 1er janvier 2013 et lors d'une vente, les propriétaires devront fournir à l'acheteur le diagnostic du contrôle. Une sanction pénale de 10.000 euro d'amende est créée en cas de déversement d'eaux usées non autorisé dans le réseau public de collecte.
De même, les députés ont suivi le Sénat en acceptant de diminuer de moitié la taxe sur les boues d'épuration, créée pour alimenter un fonds de garantie des risques liés à leur épandage.
Les députés ont également supprimé une taxe pour la collecte des eaux pluviales qui avait été instaurée par le Sénat.
Ils ont en revanche rétabli contre l'avis du gouvernement un crédit d'impôt de 25% des dépenses de réhabilitation d'installations d'assainissement non collectif effectuées entre le 1er janvier 2006 et le 31 décembre 2010.

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