Sur le reste du parcours, le choix a été fait de dédier des salles obscures et sans ouvertures extérieures aux collections scientifiques et archéologiques, et en revanche de consacrer des pièces claires et dotées de fenêtres aux expositions temporaires. Un choix expliqué par Ivonne Papin-Drastik : "Nous partons du principe que nos collections préhistoriques renvoient à une période de la Terre où l'Homme n'existait pas encore. Il s'agit d'un monde à part, en quelque sorte. De fait, nous avons préféré la lumière artificielle à la lumière naturelle sur ces parcours".

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