A la Révolution, l'église est détruite presque entièrement. Le bâtiment abandonné, vendu comme une carrière de pierre. Ce qu'il en reste, c'est-à-dire le clocher, est vendu en propriété privée, puis la ville de Paris le rachète au milieu du XIXème siècle. On passe alors du clocher Saint-Jacques à la tour Saint-Jacques.

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