Difficile, dès lors, d'opérer une rénovation sans fausse note. « Plusieurs maîtrises d'œuvre sont intervenues sur ce vaste chantier, rappelle Jean-François Bonne, architecte associé. Nous sommes ainsi la cinquième agence sur le projet. » Dès 2001, il est décidé de limiter le nombre de maîtrise d'œuvre afin de pouvoir garder une cohérence dans le projet de rénovation, et deux secteurs sont alors définis : Ouest et Est.
Deux complexités se posent : une, programmatique, qui concerne la création, dans des espaces existants, de laboratoire de haut niveau et d'espaces de prestige ; l'autre, opérationnelle, qui consiste à opérer en site occupé et sur un délai court.
A Villeurbanne, le bâtiment l'Autre Soie rénové dans une logique de réemploi
